11 janvier 2021

Tout s'explique

Le séquençage du virus à l’origine du Covid-19

Où ont été détectés des variants du virus à l’origine du Covid-19 en France ?

Plusieurs foyers de contamination par le variant britannique du Sras-CoV-2, le virus à l’origine du Covid-19, ont été détectés en France ce week-end. L’Agence régionale de santé (ARS) de Provence-Alpes-Côte d’Azur, chargée localement de l’application de la politique de santé publique, a rapporté samedi avoir identifié à Marseille un cas du variant détecté au Royaume-Uni mi-décembre et 45 cas contacts, ainsi qu’un autre cas dans les Hautes-Alpes hier. L’ARS des Hauts-de-France a annoncé ce matin deux cas du variant britannique parmi « le milieu professionnel médical » à Lille. Jeudi dernier, le ministre de la Santé, Olivier Véran, avait rapporté près de 20 cas du variant britannique et trois cas issus d’un variant détecté en Afrique du Sud mi-décembre en France.

En quoi consiste le séquençage du virus ?

Le ministre de la Santé a annoncé jeudi que tous les tests PCR positifs au Covid-19 suspects de jeudi et vendredi derniers en France feraient l’objet d’un séquençage génétique, en vue d’identifier le nombre de cas de variants circulant en France. Le séquençage consiste à analyser le génome du virus pour en identifier de possibles modifications. Le Sras-CoV-2, comme tous les virus, peut muter lorsqu’il infecte les cellules et se réplique, ce qui signifie que son matériel génétique a été modifié. Les prélèvements issus des tests PCR sont d’abord réanalysés en utilisant une technique de diagnostic qui réagit en présence du variant, puis séquencés pour en confirmer la présence, a expliqué vendredi Santé publique France, un organisme public dépendant du ministère de la Santé. Le ministre de la Santé a également annoncé qu’un séquençage serait réalisé à partir de prélèvements issus de certains foyers de contamination en milieu scolaire et de campagnes massives de dépistage.

Quels pays sont à la pointe du séquençage du virus ?

L’Australie et la Nouvelle-Zélande sont les pays qui séquencent le plus le Sras-CoV-2, selon la plateforme de partage de données scientifiques Gisaid, où des chercheurs publient les séquences. L’Australie réalise en moyenne 470 séquences pour 1 000 cas, tandis que la France séquence moins d’un test PCR pour 1 000 cas. Au Royaume-Uni, où sont dénombrés 46 séquençages pour 1 000 cas, un consortium public-privé a été lancé en mars par le ministère de la Santé pour fournir un séquençage « rapide et à grande échelle ». Il bénéficie d’un investissement équivalant à 22 millions d’euros. En France, l’Institut Pasteur, spécialisé dans les maladies infectieuses, avait commencé le séquençage du virus dès janvier 2020. Toutefois, l’Académie des sciences et l’Académie de médecine, des sociétés savantes, ont dénoncé début novembre une « rétention d’information » chez les chercheurs en France sur le séquençage du virus. Des scientifiques ont proposé fin décembre à l’exécutif la mise en place d’un consortium de séquençage sur le modèle britannique.

POUR ALLER PLUS LOIN

Nos explications sur la mutation du virus.

Le détail des méthodes de séquençage menées en France sur Franceinfo.